关于转基因食品的安全性问题，不同的专家学者有不同的看法。但大都可以分成两种：支持转基因食品进入市场、认为转基因食品的安全性仍需进一步评估。
我们可以从源头上来分析。转基因生物可定义为遗传物质dna脱氧核糖核酸以非自然的方法而改变的生物。这一技术通常被称为现代生物技术有时也称做dna重组技术或基因技术。
它可以将选定的个体基因从某一种生物转变成另一种生物并且还可在不相关的物种之间进行转变。这种跨物种之间的基因重组可以使目标物种获得其他物种的优秀性状，比如将北极熊体内的抗寒行基因片段转移到西红柿的dna序列中，那么西红柿就会表现出一定的抗寒性。同样的，我们可以通过转基因技术获得抗寒抗虫水稻、抗倒伏小麦等。
这样看来，转基因技术似乎在农业上有着无可比拟的光明前途。然而真的是这样吗？
转基因食品从1993 年出现到现在仅 20 余年，并未经过长期的安全性试验，还存在许多不确定因素： 1.基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物， 在基因食物进入人体后可能会影响抗生素对人体的药效，作物中的突变基因可能会导致新的疾病； 2.
转基因技术中的蛋白质转移可能会引起人体对原本不过敏的食物产生过敏， 分割重组后的新的蛋白质性状是否完全符合我们设想的需求有待考证； 3.基因的人工提炼和添加，有可能增加和积聚食物中原有的微量毒素，不可预见的生物突变。甚至会使原来的毒素水平提高，或产生新的毒素； 4.
对于生态系统而言，转基因食品是对特定物种进行干预，人为使之在生存环境中获得竞争优势，这必将使自然生存法则时效性破坏，引起生态平衡的变化，且基因化的生物、细菌、 病毒等进入环境， 保存或恢复是不可能的， 其较化学或核污染严重， 危害更是不可逆转。
不同的转基因生物包括以不同方式插入的各种基因。这意味着应逐案评估各个转基因食品及其安全性并且不可能就所有转基因食品的安全性发表总体声明。目前在国际市场上可获得的转基因食品已通过风险评估并且可能不会对人类健康产生危险。
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